12. yüzyılda Endülüs’te yaşamış filozof ve kadı İbn Rüşd, Faslu’l-Makâl’da İslam hukukunun felsefeye yalnızca izin vermediğini, sağlam akıl yürütebilenler için onu bir görev bile saydığını savundu. Ona göre hakikat hakikatle çelişmez; kanıtlanmış bir sonuç kutsal metnin lafzıyla çatışıyorsa, metin yorumlanmalıdır.

Hollandalı filozof Baruch Spinoza, 1677’de, ölümünden kısa süre sonra yayımlanan Etika’da “Tanrı ya da Doğa” der. Ona göre var olan her şeyi içine alan tek bir sonsuz gerçeklik vardır. Bu görüşte Tanrı, doğanın dışında durup onu nasıl yöneteceğine karar veren ayrı bir varlık değildir. “Tanrı” sözcüğü yerinde kalır, ama anlamı değişir.

Spinoza 1632’de Amsterdam’da, Portekiz kökenli Yahudi bir ailede doğdu. 1656’da, cemaatin önderlerinin sapkınlık saydığı görüşleri yüzünden kentin Yahudi cemaatinden aforoz edildi. Geçimini kısmen mercek taşlayarak sağladı. Etika’yı tepkilerden çekindiği için yayımlamadı; kitabı ölümünden sonra dostları bastırdı. Eser bir geometri kitabı gibi tanımlar, aksiyomlar ve kanıtlarla ilerler ve her şeyin, bir teoremin aksiyomlarından çıkması gibi zorunlu olarak Tanrı’nın, yani Doğa’nın özünden çıktığını savunur. Çağdaşlarının çoğu bunu kılık değiştirmiş bir ateizm olarak gördü, çünkü seçen ya da olaylara müdahale eden bir Tanrı’ya yer bırakmıyordu. Spinoza ise bunu tanrısallık üzerine düşünmenin en tutarlı yolu sayıyordu.